Jalostustavoitteiden asettamisessa lähtökohtana tulee olla hevosten terveys ja rodun elinvoimaisuus myös tulevaisuudessa. Jalostettavien ominaisuuksien ja niihin tähtäävien keinojen, tulee olla sellaisia, että niiden kautta ei aiheuteta ongelmia hevosten terveyteen. Terve ja hyvinvoiva hevonen pystyy myös suorituksiltaan parhaimpiin tuloksiin.
Hevosjalostuksen tavoitteissa halutaan yleensä parantaa hevosten suorituskykyä ja rakennetta. Toisaalta taloudellisiin asioihin on suuri merkitys sillä, että hevoset ovat terveitä, eivät loukkaannu, kehittyvät nopeasti, niillä on hyvä luonne ja ne oppivat helposti. Lisäksi ei voida myöskään unohtaa sitä, että on aina helpompaa toimia ja työskennellä hevosten kanssa, jotka soveltuvat käyttötarkoitukseensa ja ovat kestäviä.
Jalostustavoitteiden määrittelyssä täytyy ottaa huomioon jalostettavien ominaisuuksien periytyminen. Mikäli ominaisuus ei ole periytyvä, ei sen suhteen voida myöskään tehdä valintaa. Lisäksi täytyy miettiä kuinka tärkeitä eri ominaisuudet ovat ja miten ne vaikuttavat toisiinsa, jotta eri ominaisuuksille voidaan asettaa oikeat painotukset.
Jalostustavoitteita voidaan määritellä eri tasoilla. Alkuperäisrotuja sitovat rodun alkuperämaassa asetetut jalostustavoitteet ja niitä on noudatettava myös muissa maissa (esim. rotuponit). Jalostusohjelmissa määritellään valtakunnalliset jalostustavoitteet ja laatuvaatimukset eri roduille.
Valtakunnalliset jalostustavoitteet antavat raamit käytännön kasvatustoiminnalle, joiden perusteella jokainen kasvattaja määrittelee omat tavoitteensa, joihin hän pyrkii kasvatustyössään. Kasvattaja tarvitsee valintojensa pohjaksi tietoa hevosten suvuista, kilpailusuorituksista, näyttelytuloksista, terveysominaisuuksista ja jälkeläistuloksista.
