Suljetuilla populaatioilla, kuten suomenhevosilla, rodun geneettinen monimuotoisuus vähenee ajan myötä. Suomen maa-, metsä- ja kalatalouden kansallisella geenivaraohjelmalla pyritään takaamaan suomenhevosen ainutlaatuinen geneettinen monimuotoisuus tulevaisuudessa ja ohjaamaan geenivarojen säilytystä, suojelua ja kestävää käyttöä koskevaa toimintaa. Kansallista geenivaraohjelmaa koordinoi Luonnonvarakeskus. Suomen Hippos tekee yhteistyötä Luonnonvarakeskuksen kanssa suomenhevosen perinnöllisen monimuotoisuuden turvaamiseksi.
Kansallisessa geenivaraohjelmassa kerätään valittujen suomenhevosoriiden siemennestettä ja näin turvataan jäljellä olevien sukulinjojen jatkuvuutta. Tavoitteena on kerätyn materiaalin mahdollisimman pitkäaikainen säilyttäminen ja käyttäminen vain tilanteessa, jossa suomenhevospopulaation perinnöllinen monimuotoisuus on supistunut ja rodun elinvoimaisuus on uhattuna.
Kansallisessa geenivaraohjelmassa on mukana niin juoksija-, ratsu- ja pien- kuin työhevossuunnan suomenhevosia. Tavoitteena on turvata myös katoamisvaarassa olevien perinteisten työhevosominaisuuksien säilyminen tulevaisuudessa. Toimintaa rahoitetaan Luonnonvarakeskuksen koordinoimasta kansallisesta geenivaraohjelmasta.
Geenivaraohjelman orivalintatyöryhmä on määritellyt pakastettavat oriit tuleville vuosille.